早期的SEO资料经常把真正的搜索引擎与目录放在一起讨论，甚至把目录也称为搜索引擎的一种，这种讲法并不准确。
真正的搜索引擎由蜘蛛程序沿着链接爬行和抓取网上的大量页面，存进数据，经过处理，用户在搜索框输入查询词后，搜索引擎排序程序从数据库中挑选出符合查询词要求的页面。蛛蛛的爬行、页面的收录及排序都是自动处理。
网站目录则是一套人工编辑的分类目录，由编辑人员人工创建多个层次的分类，站长可以适当的分类下提交网站，目录编辑在后台审核所提交的网站，将网站放置于相应的分类页面。有的时候编辑也主动收录网站，典型的网站目录包括hao123、265.com、开放目录等。
目录并不是seo博客讨论的seo所关注的真正的搜索引擎。虽然网站目录也常有一个搜索框，但目录的数据来源是人工编辑得到的。
搜索引擎和目录的两者各有优劣，但显然搜索引擎更能满足用户搜索信息的需求。
搜索引擎收录的页面数远远高于目录收收录的页面数。但搜索引擎收录的页面质量参差不齐，对网站内容和关键词提取的准确性通常也没有目录高。
限于人力，目录能收录的通常只是网站首页，而且规模十分有限，不过收录的网站通常质量比较高。像雅虎、开放目录、hao123 这些大型目录，收录标准非常高。目录收录网站时存储的页面标题、说明文字都是人工编辑的比较准确。
搜索引擎数据更新快，而目录中收录的很多网站内容十分陈旧，甚至有的网站已经不存丰了。
雅虎目录、搜狐目录等曾经是用户在网上寻找信息的主流方式，给用户的感觉与真正的搜索引擎也差不多。这也就是目录有时候被误称为“搜索引擎的一种”的原因。少，现在已经很少有人使用网站目录寻找信息了。现在的网站目录对seo的最大意义是建设外部链接，像雅虎、开放目录、hao123等都有很高的权重，可以给被收录的网站带来高质量的外部链接。
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